税理士やパソコンに頼る
税務処理が人為的にも時間的にもどうしても難しいという方は、税理士さんに委託することもできます。
信頼できる税理士さんに見積もり依頼してみて、金額的に問題ないのであれば、お願いするのもいいでしょう。
しかし、自社で処理することによって、自社の経済状況をはあくすることができるので、出来ることなら税理士さんに委託せず、自身で行うことを勧めます。
大変であっても、そういった処理を自社で行うことによって、社の問題点や改善点が見えてくる可能性があります。
また、パソコンを使えるのでしたら、税務処理用のソフトが市販されているので、それを利用するのが良いかと思います。
会計大将・弥生会計・法人税顧問・魔方陣・申告奉行など沢山あります。
沢山種類があり過ぎて、どれにしたらいいか分からないくらいでしょうが、口コミや自社がどのようなものに力を入れているかによっても、最適なソフトというものは違ってくるので、ソフトを取り扱っているお店で説明してもらうと良いかと思います。
自営業をしている私の実家は母がすべて手書きで処理しておりますが、間違えると面倒そうに書き直しています。
母にパソコンソフトを紹介してあげたいところなのですが、残念ながら彼女は１本指打法なので、恐ろしく遅くなってしまいます。
人間５０歳を超えてから新しいもの（特にパソコンや携帯電話）に挑戦することは、私達が想像する以上に難しいようです。
毎月チェックに来てもらっている税理士さんが来訪する前は机の上を恐ろしくぐちゃぐちゃにしながら帳簿を付けています。